Après que nos héros revisitent le passé dans The Brothers' War, leur attention doit se tourner vers la menace croissante qui les attend avec Phyrexia : All Will Be One – et ils ne s'en sortiront pas tous indemnes – ou inchangés.

Phyrexia : All Will Be One explore le plan de la Nouvelle Phyrexia, nous montrant à quoi ressemble la patrie des Phyrexiens et ce que signifie la domination du préteur Elesh Norn. Ici, tout ne fera qu'un, et il n'y a aucun pouvoir assez grand pour l'empêcher de concrétiser cette vision.