Neon Dynasty se déroule à l'époque actuelle de Kamigawa, plus de 1 200 ans après la conclusion du bloc original de Kamigawa en 3326 AR. Le passé féodal de l'avion a rencontré la modernité futuriste, avec des ninjas et des samouraïs arborant désormais une esthétique cyberpunk. L'empereur de Kamigawa est porté disparu depuis dix ans. Alors que les Impériaux doivent faire face aux Futuristes et aux Insurgés, les planeswalkers Tamiyo et Kaito Shizuki sont confrontés à un danger interplanaire.